Trisurf Monte Carlo simulator
view | history | commit | commitdiff
Samo Penic
2019-02-08 4019ca8157136a68b6e43b31f166dc93acd81b4d
commit | author | age
7f6076 1 /* vim: set ts=4 sts=4 sw=4 noet : */
7958e9 2 #include<stdlib.h>
SP 3 #include<math.h>
4 #include<stdio.h>
5 #include "general.h"
6 #include "vertex.h"
7 #include "bond.h"
8 #include "vesicle.h"
9 #include "vertex.h"
10 #include "triangle.h"
11 #include "initial_distribution.h"
f74313 12 #include "energy.h"
1ab449 13 #include "poly.h"
8a6614 14 #include "io.h"
dc77e8 15 #include "sh.h"
459ff9 16 #include "shcomplex.h"
7958e9 17
SP 18 ts_vesicle *initial_distribution_dipyramid(ts_uint nshell, ts_uint ncmax1, ts_uint ncmax2, ts_uint ncmax3, ts_double stepsize){
1ab449 19     ts_fprintf(stdout,"Starting initial_distribution on vesicle with %u shells!...\n",nshell);
7958e9 20     ts_bool retval;
1ab449 21     ts_uint no_vertices=5*nshell*nshell+2;    
SP 22     ts_vesicle *vesicle=init_vesicle(no_vertices,ncmax1,ncmax2,ncmax3,stepsize);
23     vesicle->nshell=nshell;
24     //retval = vtx_set_global_values(vesicle);
25     retval = pentagonal_dipyramid_vertex_distribution(vesicle->vlist);
26     retval = init_vertex_neighbours(vesicle->vlist);
27     vesicle->vlist = init_sort_neighbours(vesicle->blist,vesicle->vlist);
b01cc1 28    // retval = init_vesicle_bonds(vesicle); // bonds are created in sort_neigh
1ab449 29     retval = init_triangles(vesicle);
SP 30     retval = init_triangle_neighbours(vesicle);
31     retval = init_common_vertex_triangle_neighbours(vesicle);
32     retval = init_normal_vectors(vesicle->tlist);
33     retval = mean_curvature_and_energy(vesicle);
34     ts_fprintf(stdout,"initial_distribution finished!\n");
41a035 35     if(retval);
7958e9 36     return vesicle;
SP 37 } 
38
39
1ab449 40
SP 41 ts_vesicle *create_vesicle_from_tape(ts_tape *tape){
42     ts_vesicle *vesicle;
bcf455 43
1ab449 44     vesicle=initial_distribution_dipyramid(tape->nshell,tape->ncxmax,tape->ncymax,tape->nczmax,tape->stepsize);
698ae1 45         vesicle->tape=tape;
SP 46     set_vesicle_values_from_tape(vesicle);
def8b5 47         initial_population_with_c0(vesicle,tape);
698ae1 48     return vesicle;
SP 49 }
50
51 ts_bool set_vesicle_values_from_tape(ts_vesicle *vesicle){
58230a 52     // Nucleus:
698ae1 53     ts_vertex *vtx;
SP 54     ts_tape *tape=vesicle->tape;
fe24d2 55     vesicle->R_nucleus=tape->R_nucleus*tape->R_nucleus;
37791b 56     vesicle->R_nucleusX=tape->R_nucleusX*tape->R_nucleusX;
SP 57     vesicle->R_nucleusY=tape->R_nucleusY*tape->R_nucleusY;
58     vesicle->R_nucleusZ=tape->R_nucleusZ*tape->R_nucleusZ;
fe24d2 59     vesicle->clist->dmin_interspecies = tape->dmin_interspecies*tape->dmin_interspecies;
bcf455 60
58230a 61     //Initialize grafted polymers (brush):
624f81 62     vesicle->poly_list=init_poly_list(tape->npoly,tape->nmono, vesicle->vlist, vesicle);
1ab449 63     vesicle->spring_constant=tape->kspring;
SP 64     poly_assign_spring_const(vesicle);
bcf455 65
58230a 66     //Initialize filaments (polymers inside the vesicle):
M 67     vesicle->filament_list=init_poly_list(tape->nfil,tape->nfono, NULL, vesicle);
bcf455 68     poly_assign_filament_xi(vesicle,tape);
58230a 69
bcf455 70     ts_uint i,j;
M 71     for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
72         for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->blist->n;j++){
73             bond_vector(vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j]);
74             vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j]->bond_length = sqrt(vtx_distance_sq(vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j]->vtx1,vesicle->filament_list->poly[i]->blist->bond[j]->vtx2));
75         }
58230a 76     }
bcf455 77
M 78     for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
79         for(j=0;j<vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->n;j++){
80             vtx = vesicle->filament_list->poly[i]->vlist->vtx[j];
81             if(vtx->bond_no == 2){
82             vtx->energy = -(vtx->bond[0]->x*vtx->bond[1]->x + vtx->bond[0]->y*vtx->bond[1]->y + vtx->bond[0]->z*vtx->bond[1]->z)/vtx->bond[0]->bond_length/vtx->bond[1]->bond_length;
83             }
84         }
58230a 85     }
bcf455 86
ea1cce 87     for(i=0;i<vesicle->filament_list->n;i++){
M 88         vertex_list_assign_id(vesicle->filament_list->poly[i]->vlist,TS_ID_FILAMENT);
89     }
bcf455 90
58230a 91 //    vesicle->spring_constant=tape->kspring;
M 92 //    poly_assign_spring_const(vesicle);
93
1ab449 94     
SP 95     vesicle->nshell=tape->nshell;
96     vesicle->dmax=tape->dmax*tape->dmax; /* dmax^2 in the vesicle dmax variable */
97     vesicle->bending_rigidity=tape->xk0;
98     vtx_set_global_values(vesicle); /* make xk0 default value for every vertex */ 
f4d6ca 99 //    ts_fprintf(stdout, "Tape setting: xk0=%e\n",tape->xk0);
1ab449 100     vesicle->stepsize=tape->stepsize;
SP 101     vesicle->clist->ncmax[0]=tape->ncxmax;
102     vesicle->clist->ncmax[1]=tape->ncymax;
103     vesicle->clist->ncmax[2]=tape->nczmax;
90882f 104     vesicle->clist->max_occupancy=16; /* hard coded max occupancy? */
1ab449 105
SP 106     vesicle->pressure= tape->pressure;
107     vesicle->pswitch=tape->pswitch;
632960 108     if(tape->shc>0){
459ff9 109         vesicle->sphHarmonics=complex_sph_init(vesicle->vlist,tape->shc);
632960 110     }
SP 111     else {
112         vesicle->sphHarmonics=NULL;
113     }
e5858f 114
699ac4 115     vesicle->tlist->a0=sqrt(3)/4*pow((vesicle->tape->dmax+1.0)/2.0,2);  
698ae1 116     return TS_SUCCESS;
1ab449 117
SP 118 }
119
120
def8b5 121 ts_bool initial_population_with_c0(ts_vesicle *vesicle, ts_tape *tape){
SP 122     int rndvtx,i,j;
e5858f 123     if(tape->number_of_vertices_with_c0>0){
073d28 124 //        ts_fprintf(stderr,"Setting values for spontaneous curvature as defined in tape\n");
eb9583 125         j=0;
e5858f 126         for(i=0;i<tape->number_of_vertices_with_c0;i++){
SP 127             rndvtx=rand() % vesicle->vlist->n;
eb9583 128             if(fabs(vesicle->vlist->vtx[rndvtx]->c-tape->c0)<1e-15){
SP 129                 j++;
130                 i--;
131                 if(j>10*vesicle->vlist->n){
132                     fatal("cannot populate vesicle with vertices with spontaneous curvature. Too many spontaneous curvature vertices?",100);
133                 }
134                 continue;
135             }
e5858f 136             vesicle->vlist->vtx[rndvtx]->c=tape->c0;
SP 137         }
138         mean_curvature_and_energy(vesicle);
139         if(fabs(tape->w)>1e-16){ //if nonzero energy
073d28 140 //            ts_fprintf(stderr,"Setting attraction between vertices with spontaneous curvature\n");
e5858f 141             sweep_attraction_bond_energy(vesicle);
SP 142         }
143     }
def8b5 144     return TS_SUCCESS;
1ab449 145 }
SP 146
147
7958e9 148 ts_bool pentagonal_dipyramid_vertex_distribution(ts_vertex_list *vlist){
SP 149     /* Some often used relations */
150     const ts_double s1= sin(2.0*M_PI/5.0);
151     const ts_double s2= sin(4.0*M_PI/5.0);
152     const ts_double c1= cos(2.0*M_PI/5.0);
153     const ts_double c2= cos(4.0*M_PI/5.0);
154
155     /* Calculates projection lenght of an edge bond to pentagram plane */
fab2ad 156     const ts_double xl0=DEF_A0/(2.0*sin(M_PI/5.0));
7958e9 157 #ifdef TS_DOUBLE_DOUBLE
fab2ad 158     const ts_double z0=sqrt(pow(DEF_A0,2)-pow(xl0,2));
7958e9 159 #endif
SP 160 #ifdef TS_DOUBLE_FLOAT
fab2ad 161     const ts_double z0=sqrtf(powf(DEF_A0,2)-powf(xl0,2));
7958e9 162 #endif
SP 163 #ifdef TS_DOUBLE_LONGDOUBLE
fab2ad 164     const ts_double z0=sqrtl(powl(DEF_A0,2)-powl(xl0,2));
7958e9 165 #endif
SP 166 //    const z0=sqrt(A0*A0 -xl0*xl0); /* I could use pow function but if pow is used make a check on the float type. If float then powf, if long double use powl */
167
168 /*placeholder for the pointer to vertex datastructure list... DIRTY: actual pointer points towards invalid address, one position before actual beginning of the list... This is to solve the difference between 1 based indexing in original program in fortran and 0 based indexing in C. All algorithms remain unchanged because of this!*/
169     ts_vertex **vtx=vlist->vtx -1 ; 
170
171
172     ts_uint nshell=(ts_uint)( sqrt((ts_double)(vlist->n-2)/5));
173 //    printf("nshell=%u\n",nshell);
174     ts_uint i,n0; // some for loop prereq
175     ts_int j,k;
176     ts_double dx,dy; // end loop prereq
177
178     /* topmost vertex */
8f6a69 179     vtx[1]->x=0.0;
SP 180     vtx[1]->y=0.0;
181     vtx[1]->z=z0*(ts_double)nshell;
7958e9 182     
SP 183     /* starting from to in circular order on pentagrams */    
184     for(i=1;i<=nshell;i++){
185         n0=2+5*i*(i-1)/2; //-1 would be for the reason that C index starts from 0 
8f6a69 186         vtx[n0]->x=0.0;
SP 187         vtx[n0]->y=(ts_double)i*xl0;
188         vtx[n0+i]->x=vtx[n0]->y*s1;
189         vtx[n0+i]->y=vtx[n0]->y*c1;
190         vtx[n0+2*i]->x=vtx[n0]->y*s2;
191         vtx[n0+2*i]->y=vtx[n0]->y*c2;
192         vtx[n0+3*i]->x=-vtx[n0+2*i]->x;
193         vtx[n0+3*i]->y=vtx[n0+2*i]->y;
194         vtx[n0+4*i]->x=-vtx[n0+i]->x;
195         vtx[n0+4*i]->y=vtx[n0+i]->y;
7958e9 196     }
SP 197
198     /* vertexes on the faces of the dipyramid */
199     for(i=1;i<=nshell;i++){
200         n0=2+5*i*(i-1)/2; // -1 would be because of C!
201         for(j=1;j<=i-1;j++){
8f6a69 202             dx=(vtx[n0]->x-vtx[n0+4*i]->x)/(ts_double)i;
SP 203             dy=(vtx[n0]->y-vtx[n0+4*i]->y)/(ts_double)i;
204             vtx[n0+4*i+j]->x=(ts_double)j*dx+vtx[n0+4*i]->x;
205             vtx[n0+4*i+j]->y=(ts_double)j*dy+vtx[n0+4*i]->y;
7958e9 206         }
SP 207         for(k=0;k<=3;k++){ // I would be worried about zero starting of for
8f6a69 208             dx=(vtx[n0+(k+1)*i]->x - vtx[n0+k*i]->x)/(ts_double) i;
SP 209             dy=(vtx[n0+(k+1)*i]->y - vtx[n0+k*i]->y)/(ts_double) i;
7958e9 210             for(j=1; j<=i-1;j++){
8f6a69 211                 vtx[n0+k*i+j]->x= (ts_double)j*dx+vtx[n0+k*i]->x;
SP 212                 vtx[n0+k*i+j]->y= (ts_double)j*dy+vtx[n0+k*i]->y;
7958e9 213             } 
SP 214         } 
215     }
216
217     for(i=1;i<=nshell;i++){
218         n0= 2+ 5*i*(i-1)/2;
219         for(j=0;j<=5*i-1;j++){
8f6a69 220         vtx[n0+j]->z= z0*(ts_double)(nshell-i);   // I would be worried about zero starting of for
7958e9 221         }
SP 222     }
223
224 /* for botom part of dipyramide we calculate the positions of vertices */
225     for(i=2+5*nshell*(nshell+1)/2;i<=vlist->n;i++){
8f6a69 226         vtx[i]->x=vtx[vlist->n - i +1]->x;
SP 227         vtx[i]->y=vtx[vlist->n - i +1]->y;
228         vtx[i]->z=-vtx[vlist->n - i +1]->z;
7958e9 229     }
SP 230
231     for(i=1;i<=vlist->n;i++){
232         for(j=1;j<=vlist->n;j++){
233             if(i!=j && vtx_distance_sq(vtx[i],vtx[j])<0.001){
234                 printf("Vertices %u and %u are the same!\n",i,j);
235             }
236         }
237     }
238     return TS_SUCCESS;
239 }
240
241
242
243 ts_bool init_vertex_neighbours(ts_vertex_list *vlist){
244     ts_vertex **vtx=vlist->vtx -1; // take a look at dipyramid function for comment.
245     const ts_double eps=0.001; //TODO: find out if you can use EPS from math.h
246     ts_uint i,j;
247     ts_double dist2; // Square of distance of neighbours
248     /*this is not required if we zero all data in vertex structure at initialization */
249     /*if we force zeroing at initialization this for loop can safely be deleted */
250     //for(i=1;i<=vlist->n;i++){
251     //    vtx[i].neigh_no=0;
252     //}
253     for(i=1;i<=vlist->n;i++){
254         for(j=1;j<=vlist->n;j++){
255             dist2=vtx_distance_sq(vtx[i],vtx[j]);
fab2ad 256             if( (dist2>eps) && (dist2<(DEF_A0*DEF_A0+eps))){ 
7958e9 257     //if it is close enough, but not too much close (solves problem of comparing when i==j)
SP 258                 vtx_add_neighbour(vtx[i],vtx[j]);
259             }
260         }
261     //        printf ("vertex %u ima %u sosedov!\n",i,vtx[i]->data->neigh_no);
262     }
263
264     return TS_SUCCESS;
265 }
266
b01cc1 267 // TODO: with new datastructure can be rewritten. Partially it is done, but it is complicated.
SP 268 ts_vertex_list *init_sort_neighbours(ts_bond_list *blist,ts_vertex_list *vlist){
7958e9 269     ts_vertex **vtx=vlist->vtx -1; // take a look at dipyramid function for comment.
SP 270     ts_uint i,l,j,jj,jjj,k=0;   
271     ts_double eps=0.001; // Take a look if EPS from math.h can be used
272
273 /*lets initialize memory for temporary vertex_list. Should we write a function instead */
b01cc1 274     ts_vertex_list *tvlist=vertex_list_copy(vlist);
7958e9 275     ts_vertex **tvtx=tvlist->vtx -1;  /* again to compensate for 0-indexing */
SP 276
277     ts_double dist2; // Square of distance of neighbours
278     ts_double direct; // Something, dont know what, but could be normal of some kind
279     for(i=1;i<=vlist->n;i++){
280         k++; // WHY i IS NOT GOOD??
8f6a69 281            vtx_add_cneighbour(blist,tvtx[k], tvtx[vtx[i]->neigh[0]->idx+1]); //always add 1st
7958e9 282            jjj=1;
SP 283            jj=1;
8f6a69 284            for(l=2;l<=vtx[i]->neigh_no;l++){
SP 285                for(j=2;j<=vtx[i]->neigh_no;j++){
286                    dist2=vtx_distance_sq(vtx[i]->neigh[j-1],vtx[i]->neigh[jj-1]);
287                    direct=vtx_direct(vtx[i],vtx[i]->neigh[j-1],vtx[i]->neigh[jj-1]);
288 // TODO: check if fabs can be used with all floating point types!!
fab2ad 289                    if( (fabs(dist2-DEF_A0*DEF_A0)<=eps) && (direct>0.0) && (j!=jjj) ){
8f6a69 290                        vtx_add_cneighbour(blist,tvtx[k],tvtx[vtx[i]->neigh[j-1]->idx+1]);
7958e9 291                        jjj=jj;
SP 292                        jj=j;
293                        break;
294                    }
295                }
296            }    
297     }
b01cc1 298 /* We use the temporary vertex for our main vertices and we abandon main
SP 299  * vertices, because their neighbours are not correctly ordered */
300    // tvtx=vlist->vtx;
301    // vlist->vtx=tvtx;
302    // tvlist->vtx=vtx;
303     vtx_list_free(vlist);
304 /* Let's make a check if the number of bonds is correct */
305     if((blist->n)!=3*(tvlist->n-2)){
306         ts_fprintf(stderr,"Number of bonds is %u should be %u!\n", blist->n, 3*(tvlist->n-2));
307         fatal("Number of bonds is not 3*(no_vertex-2).",4);
7958e9 308     }
SP 309
b01cc1 310     return tvlist;
7958e9 311 }
SP 312
313
314 ts_bool init_vesicle_bonds(ts_vesicle *vesicle){
315     ts_vertex_list *vlist=vesicle->vlist;
316     ts_bond_list *blist=vesicle->blist;
317     ts_vertex **vtx=vesicle->vlist->vtx - 1; // Because of 0 indexing
318 /* lets make correct clockwise ordering of in nearest neighbour list */
319     ts_uint i,j,k;
320     for(i=1;i<=vlist->n;i++){
321         for(j=i+1;j<=vlist->n;j++){
8f6a69 322             for(k=0;k<vtx[i]->neigh_no;k++){ // has changed 0 to < instead of 1 and <=
SP 323                 if(vtx[i]->neigh[k]==vtx[j]){  //if addresses matches it is the same
7958e9 324                     bond_add(blist,vtx[i],vtx[j]);
SP 325                     break;
326                 }
327             }
328         }
329     } 
330 /* Let's make a check if the number of bonds is correct */
331     if((blist->n)!=3*(vlist->n-2)){
332         ts_fprintf(stderr,"Number of bonds is %u should be %u!\n", blist->n, 3*(vlist->n-2));
333         fatal("Number of bonds is not 3*(no_vertex-2).",4);
334     }
335     return TS_SUCCESS;
336 }
337
338
339
340 ts_bool init_triangles(ts_vesicle *vesicle){
341     ts_uint i,j,jj,k;
342     ts_vertex **vtx=vesicle->vlist->vtx -1; // difference between 0 indexing and 1 indexing
343     ts_triangle_list *tlist=vesicle->tlist;
344     ts_double dist, direct;
345     ts_double eps=0.001; // can we use EPS from math.h?
346     k=0;
347     for(i=1;i<=vesicle->vlist->n;i++){
8f6a69 348         for(j=1;j<=vtx[i]->neigh_no;j++){
SP 349             for(jj=1;jj<=vtx[i]->neigh_no;jj++){
7958e9 350         //        ts_fprintf(stderr,"%u: (%u,%u) neigh_no=%u ",i,j,jj,vtx[i].neigh_no);
SP 351         //      ts_fprintf(stderr,"%e, %e",vtx[i].neigh[j-1]->x,vtx[i].neigh[jj-1]->x);
8f6a69 352                 dist=vtx_distance_sq(vtx[i]->neigh[j-1],vtx[i]->neigh[jj-1]);
SP 353                 direct=vtx_direct(vtx[i],vtx[i]->neigh[j-1],vtx[i]->neigh[jj-1]);                
354 // TODO: same as above                
fab2ad 355                 if(fabs(dist-DEF_A0*DEF_A0)<=eps && direct < 0.0 && vtx[i]->neigh[j-1]->idx+1 > i && vtx[i]->neigh[jj-1]->idx+1 >i){
8f6a69 356                     triangle_add(tlist,vtx[i],vtx[i]->neigh[j-1],vtx[i]->neigh[jj-1]);
7958e9 357                 }    
SP 358             }    
359         }
360     }
361 /* We check if all triangles have 3 vertices and if the number of triangles
362  * matches the theoretical value.
363  */
364     for(i=0;i<tlist->n;i++){
365         k=0;
366         for(j=0;j<3;j++){
41a035 367             if(tlist->tria[i]->vertex[j]!=NULL)
7958e9 368             k++;
SP 369         }
370             if(k!=3){
8f6a69 371                 fatal("Some triangles have less than 3 vertices..",4);
7958e9 372             }   
SP 373     } 
374     if(tlist->n!=2*(vesicle->vlist->n -2)){
375         ts_fprintf(stderr,"The number of triangles is %u but should be %u!\n",tlist->n,2*(vesicle->vlist->n -2));
376         fatal("The number of triangles doesn't match 2*(no_vertex -2).",4);
377     }
378     return TS_SUCCESS;
379 }
380
381
382
383 ts_bool init_triangle_neighbours(ts_vesicle *vesicle){
384     ts_uint i,j,nobo;
385     ts_vertex *i1,*i2,*i3,*j1,*j2,*j3;
386 //    ts_vertex **vtx=vesicle->vlist->vtx -1; // difference between 0 indexing and 1 indexing
387     ts_triangle_list *tlist=vesicle->tlist;
388     ts_triangle **tria=tlist->tria -1;
389     nobo=0;
390     for(i=1;i<=tlist->n;i++){
41a035 391         i1=tria[i]->vertex[0]; 
SP 392         i2=tria[i]->vertex[1]; 
393         i3=tria[i]->vertex[2]; 
7958e9 394         for(j=1;j<=tlist->n;j++){
SP 395             if(j==i) continue;
41a035 396             j1=tria[j]->vertex[0]; 
SP 397             j2=tria[j]->vertex[1]; 
398             j3=tria[j]->vertex[2]; 
7958e9 399             if((i1==j1 && i3==j2) || (i1==j2 && i3==j3) || (i1==j3 && i3==j1)){
SP 400                     triangle_add_neighbour(tria[i],tria[j]);
401                     nobo++;
402             }
403         }
404     }
405     for(i=1;i<=tlist->n;i++){
41a035 406         i1=tria[i]->vertex[0]; 
SP 407         i2=tria[i]->vertex[1]; 
408         i3=tria[i]->vertex[2]; 
7958e9 409         for(j=1;j<=tlist->n;j++){
SP 410             if(j==i) continue;
41a035 411             j1=tria[j]->vertex[0]; 
SP 412             j2=tria[j]->vertex[1]; 
413             j3=tria[j]->vertex[2]; 
7958e9 414             if((i1==j1 && i2==j3) || (i1==j3 && i2==j2) || (i1==j2 && i2==j1)){
SP 415                 triangle_add_neighbour(tria[i],tria[j]);
416                 nobo++;
417             }
418         }
419     }
420     for(i=1;i<=tlist->n;i++){
41a035 421         i1=tria[i]->vertex[0]; 
SP 422         i2=tria[i]->vertex[1]; 
423         i3=tria[i]->vertex[2]; 
7958e9 424         for(j=1;j<=tlist->n;j++){
SP 425             if(j==i) continue;
41a035 426             j1=tria[j]->vertex[0]; 
SP 427             j2=tria[j]->vertex[1]; 
428             j3=tria[j]->vertex[2]; 
7958e9 429             if((i2==j1 && i3==j3) || (i2==j3 && i3==j2) || (i2==j2 && i3==j1)){
SP 430                 triangle_add_neighbour(tria[i],tria[j]);
431                 nobo++;
432             }
433         }
434     }
435     if(nobo != vesicle->blist->n*2) {
436             ts_fprintf(stderr,"Number of triangles= %u, number of bonds= %u\n",nobo/2, vesicle->blist->n);
437             fatal("Number of triangle neighbour pairs differs from double the number of bonds!",4);
438     }
439     return TS_SUCCESS;
440 }
441
442
443 ts_bool init_common_vertex_triangle_neighbours(ts_vesicle *vesicle){
444     ts_uint i,j,jp,k;
445     ts_vertex *k1,*k2,*k3,*k4,*k5;
446     ts_vertex **vtx=vesicle->vlist->vtx -1; // difference between 0 indexing and 1 indexing
447     ts_triangle_list *tlist=vesicle->tlist;
448     ts_triangle **tria=tlist->tria -1;
449
450     for(i=1;i<=vesicle->vlist->n;i++){
8f6a69 451         for(j=1;j<=vtx[i]->neigh_no;j++){
SP 452             k1=vtx[i]->neigh[j-1];
7958e9 453             jp=j+1;
8f6a69 454             if(j == vtx[i]->neigh_no) jp=1;
SP 455             k2=vtx[i]->neigh[jp-1];
7958e9 456             for(k=1;k<=tlist->n;k++){        // VERY NON-OPTIMAL!!! too many loops (vlist.n * vtx.neigh * tlist.n )!
41a035 457                 k3=tria[k]->vertex[0];
SP 458                 k4=tria[k]->vertex[1];
459                 k5=tria[k]->vertex[2];
7958e9 460 //                ts_fprintf(stderr,"%u %u: k=(%u %u %u)\n",k1,k2,k3,k4,k5);
SP 461                 if((vtx[i]==k3 && k1==k4 && k2==k5) ||
462                 (vtx[i]==k4 && k1==k5 && k2==k3) ||
463                 (vtx[i]==k5 && k1==k3 && k2==k4)){
b01cc1 464
SP 465 //TODO: probably something wrong with neighbour distribution.
466 //                if(vtx[i]==k3 || vtx[i]==k4 || vtx[i]==k5){
dac2e5 467     //                    if(i==6) ts_fprintf(stdout, "Vtx[%u] > Added to tristar!\n",i);
7958e9 468                     vertex_add_tristar(vtx[i],tria[k]);
SP 469                 }
470             }
471         }
472 /*        ts_fprintf(stderr,"TRISTAR for %u (%u):",i-1,vtx[i].tristar_no);
473         for(j=0;j<vtx[i].tristar_no;j++){
474             ts_fprintf(stderr," %u,",vtx[i].tristar[j]->idx);
475         }
476         ts_fprintf(stderr,"\n"); */
477     }
478     return TS_SUCCESS;
479 }
480
481
482 ts_bool init_normal_vectors(ts_triangle_list *tlist){
483     /* Normals point INSIDE vesicle */
484     ts_uint k;
485     ts_triangle **tria=tlist->tria -1; //for 0 indexing
486     for(k=1;k<=tlist->n;k++){
487         triangle_normal_vector(tria[k]);    
488     }
489     return TS_SUCCESS;
490 }